Skt. Petri Kirke omtales første gang i 1304, men stammer formodentlig tilbage fra 1200-tallet. I 1536 nedlægges bygningen som kirke og indrettes til klokke- og kanonstøberi. I 1585 får Skt. Petri menighed kirken overdraget af kong Frederik 2. og kirken gennemgår en restaurering ved arkitekt og billedhugger Hans van Steenwinckel. Begravelseskapellerne, der omkranser den såkaldte Urtegård, er opført løbende i perioden 1648-83. J.C. Krieger genopbygger kirken efter branden i 1728 og tårnet ombygges med nyt spir i 1758. Kirke og gravkapeller genopbygges igen efter branden i 1807.

Kirken har endvidere gennemgået to store indvendige ombygninger, i 1865-66 af H.C. Stilling og i 1995-99 af arkitekt Hans Munk Hansen. Siden 1585 har kirken været centrum for den tyske evangelisk-lutherske menighed.

Rønnow Arkitekter har på Skt. Petri Kirke og Gravkapeller udført udvendige vedligeholdsarbejder, herunder istandsættelse af murværk, eftergang af tage, maling af træværk mm. Endvidere har vi forestået en omfattende registrering og tilstandsvurdering af samtlige af kirkens udvendige gravminder og epitafier.